Alajuela ei ole suuri metropoli, mutta sen eri kaupunginosat tarjoavat erilaisia vaihtoehtoja majoittumiseen. Keskusta eli Centro on oiva valinta niille, jotka haluavat olla lähellä ravintoloita, kauppoja ja paikallista palvelutarjontaa. Täällä on myös eniten julkisten liikenneyhteyksien solmukohtia, joten liikkuminen on helppoa. Perheille luvassa on turvallinen ympäristö ja lyhyet matkat nähtävyyksille. Vastapainoksi keskustan hotellien hinnat ovat paikalliseen mittakaavaan nähden hieman korkeammat, ja alue voi olla vilkas erityisesti viikonloppuisin.
Alueen itä- ja pohjoispuolella on rauhallisempia kaupunginosia, joissa on enemmän pieniä hotelleja ja majataloja, sopivia matkailijoille, jotka arvostavat hiljaisuutta. Näiden alueiden etuna on usein runsaampi viheralue ja tilavammat huoneet, mutta liikkuminen keskustaan voi edellyttää taksin tai oman auton käyttöä.