Matkan tarkoitus määrittää pitkälti sopivan hotellin sijainnin. Turisteille, jotka aikovat nähdä suosituimpia nähtävyyksiä kuten Nagasakin atomimuseon, Glover-puiston ja Oura-kirkon, on hyvä valita hotelli lähelle keskustaa tai Dejimaa, josta on suora julkinen yhteys useimpiin kohteisiin. Liikematkailijoille käteviä kohteita ovat hotellit kaupungin liikealueiden läheisyydessä, joissa on myös nopea internetyhteys ja kokoustilat.
Budjetti vaikuttaa myös majoitusvaihtoehdon valintaan, sillä Nagasakissa on tarjolla laaja skaalat hostelleista perinteisiin hotelleihin ja nykyaikaisiin huoneistoihin. Edullisia vaihtoehtoja etsivän kannattaa suunnata keskustan ulkopuolelle, missä majoitus on usein halvempaa. Suurempaan budjettiin mahtuvat palvelut kuten sisältyvä aamiainen, pysäköintimahdollisuus, ilmainen Wi-Fi ja ilmastointi ovat tärkeitä erityisesti kuumina kesäkuukausina. Jos haluaa rentoutua matkan jälkeen, kannattaa etsiä hotelleita, joissa on uima-allas tai kylpyläpalveluita.